1937年7月7日，抗日战争爆发。同济大学师生员工同仇敌忾，通电声援，并组成前敌将士后援会，于7月14日将募捐款项汇交前方将士。此后8年，同济6次迁校，辗转浙、赣、湘、粤、桂、滇、黔、川等地，越过千山万水，行程几千公里，冒着日寇飞机轰炸扫射，忍着颠沛流离和饥寒交迫，在战乱中一面坚持教学工作，一面开展抗日救国活动。7月下旬，鉴于形势日益紧张，翁之龙校长部署向市区租界搬迁工作。8月12日下午，最后一批人员搬运校产撤离吴淞，迁入上海公共租界地丰路（今乌鲁木齐）121号的临时校舍。翌日，日军大举进攻上海，“八·一三”事变爆发。28、29日，同济吴淞校舍毁于日寇炮火。学校迁入市区后，广大师生员工在翁之龙校长的带领下，积极参加抢救抗日受伤将士和市民的工作。他们先后建立了红十字临时重伤员医院和红十字第十三救护院。翁之龙兼任红十字临时重伤员医院院长。在市区，学校举行了一次招生考试，但未能复课。临时校舍房屋狭小，全校1101名学生和部分教职工都挤在这里。学校原计划搭建一部分临时房屋于10月14日正式上课。但由于上海战事日益激烈，结果无法恢复上课。9月，学校决定迁往浙江金华。10月20日，学校在金华复课。在金华报到的有教师33人，学生596人。医学院有100多名学生，17名教师留在上海。在学校迁往金华时，医学院张静吾教授等组成“南京军医署所属第五重伤医院”，前往苏州救死扶伤；李宣果教授带领81名师生员工组成“中国红十字会第一重伤医院”，在去金华时，组成若干医疗救护小组，从杭州出发，沿着浙赣线，为受伤战士服务。在金华，学校在坚持上课的同时，学生组织战时服务团，深入城乡开展抗日救亡宣传。并积极参加中共浙南特委领导的抗日救亡和民主革命工作。同济学生大部分担任乡村建设指导员，少部分担任县政工作。在金华，上级党组织通知同济中共地下党员李滢来、汪珊等建立中共同济特别支部，在浙江地区独立地开辟工作。以特别支部为核心，组织了以学生救国会会员为骨干的学生战时服务团，建立歌咏队、剧团和宣传队，共计二三百人，在金华城乡教唱抗日歌曲，贴抗战标语，散发中国共产党《抗日救国十大纲领》，还编印出版了《合流》报3期，宣传毛泽东、宋庆龄等所写的有关国共合作、全面抗战的文章。之后，中共中央东南局筹备处决定汪珊等留在浙江，组成以汪珊为书记的中共浙南特别工作委员会。11月，日军逼近杭州，金华不断遭受日机空袭。学校决定第三次迁校，从金华迁往江西赣州。1938年1月底，正式复课。不久，医学院后期也从上海迁到江西吉安，1938年春开始复课。上课在旧镇台衙门，大学、中学、高职全在一起。医学院以第五重伤医院和自办诊疗所为实习基地。这是中国人自办实习医院的先例。诊疗所于1938年4月8日开诊，日门诊人数最多时达400余人。在赣州和吉安共有学生1000多人，教师73人，其中德国教授13人。1938年下半年，因战事关系，德国政府停止了原给予教授的特种补助及旅费补助金，于是大部分德国教授相继回沪，中国教师挑起了教学的担子。在赣州，学生一面读书，一面继续以战时服务团为核心，以民办夜校、话剧团等形式坚持开展抗日救亡工作。1938年3、4月，学校“杀一儆百”，开除了进步学生的领袖——学生会主席陶亨咸。学生群情激愤，派计晋仁、翟立林、李岳、许信刚4位代表赴武汉向教育部。最后，学校当局被迫撤销了开除陶亨咸的决定。1938年7月，局势突变，九江危急。同济又从赣州、吉安迁到了广西贺县的八步镇。其间，有千余公里的水路。同学们经过步行、坐车、坐船、翻山越岭，前后花了三个多月的时间，忍饥挨饿到达了八步镇。11月，学校正准备维修校舍复课，日寇进攻华南，未及一周，广州沦陷。1938年冬，学校第一批校产运到八步江边还未及卸下，又决定迁往昆明。1939年春节前，全校师生分批到达昆明。迁校昆明不久，翁之龙校长辞职，赵士卿（同济医科毕业，留德医学博士，广州中山大学教授、医学院院长）接任。学校内迁后，宝隆医院绝大部分德籍医生没有随同济医学院去内地，医学院院长柏德辞去院长职务。从此，宝隆医院（产权一直归德人所有）不再是同济大学医学院的实习医院。为此，学校在第五重伤医院和诊疗所的基础上组成了医学院附属医院。同时，学校开设了实习工厂、电工实验室和化学实验馆等，保证了教学工作的开展。但学校困难重重，校舍分散于十多处，机器设备残缺不全，沿途招生，德文程度与战前已难相比，经费大为削减，欠款欠租达3万元。在昆明，1939年分为三个学期，以弥补在迁校中所缺授课程。1940年7月20日赵士卿辞职，教育部委派周均时（上海吴淞商船学校毕业，留学德国、波兰，工科博士，重庆大学教授）接任。在昆明两个春秋，学校克服困难坚持办学。医、工、理三学院共有教师77人，其中正副教授37人，学生798人。医学院在八省会馆设有解剖馆，由昆明地方法院提供无人认领尸体，供解剖学习之用。医学院还开展学术活动，定期举行学术讲座。这一时期，工学院已设机械、土木、测量、电机4系和造船组，发展为全校师生人数最多的学院。有教师34人，其中，教授8人，副教授7人。1940年在校学生428人。理学院除化学、生物两系外，又增设了数理系。1939年3月，国民党政府召开第三次全国教育会议，推行国民党、三青团和训导处三位一体的政策，加强控制师生，镇压学生运动。同年初夏，从西南联大返回同济的中共地下党员况礼文，根据上级党的指示，在同济建立党的组织，有党员9名。他们通过读书会、壁报、民众夜校、儿童剧团等群众组织，发展进步力量，开展抗日救亡活动，并与校内复兴社、三青团等反动组织作斗争。1940年秋，昆明物价飞涨，日机不断侵扰。周均时校长考虑到昆明地区早有云南大学，又有从北方迁去的北大、清华，再将同济大学办在昆明也无必要。经全校各部门负责人会商研究，决定迁校入川。学校将此意见上报教育部，获得批准。于是学校成立以周均时校长为主席的迁建委员会。随后，周均时赶回重庆，转往南溪、宜宾，运用各方关系，在宜宾城内和南溪所属李庄落实住址。1940年8月，学校给同济大学校友、四川南溪县李庄富商钱子宁发函，请求迁李庄。钱子宁经一番努力后，得到国民党李庄区党部书记罗南陔及一些富商的支持，给同济发出：“同大迁川，李庄欢迎，一切所需，地方供给”的电报。于是同济大学开始向四川南溪李庄和宜宾迁移。10月，大学部先停课，开始了第六次迁校，1940年底至1941年初迁校完毕。医学院后期与附属医院驻宜宾，校部及其他院系驻李庄。宜宾为川西南、滇东北一带物资运转枢纽，商业颇为繁荣。李庄镇位于宜宾以东25公里的长江南岸，水陆交通便捷，教育事业也较为发达。在李庄，同济多以禹王宫、东岳庙、南华宫、祖师殿、慧光寺和罗家祠等庙宇为校舍。同济师生就是在这里度过了5年没有敌机骚扰，比较安定的教学生活。在李庄、宜宾之初，全校师生员工在周均时校长的带领下，勤俭办学，艰苦奋斗。周均时生活俭朴，作风正直，精心讲课，亲切待人，深受师生爱戴。教学秩序得到了很快地恢复，教学、科研也有所发展。1941年2月，学校为培养助产护士人才，试办助产护士班。1941年，医学院在祖师殿厅堂内，举办了“人体解剖展览”。展厅内陈列着人体全副骨骼架，用药水泡着的尸体以及心、肺、肝、胆、脾、肠等五脏六腑，各种人体图表、医疗器械等。师生们向参观者详细介绍人体的组织构造，各种器官的作用，得病的原因，解剖的作用和怎样对症治疗等。许多老人拄着拐杖，同中青年一道踊跃参观。有些老人当场请医科教授为他治病，教授们也就当场看起病来。同济师生还告诉参观者：今后一般小病，可以在镇上同济医学院门诊检查治疗，有些大病，可到宜宾同济大学开设的医院进一步治疗。之前，住在李庄的中央研究院也举办了展览会。展品从古人类骨、骼到恐龙等动物化石，从古代兵器、文物到国外的模型、器械，从安阳出土的青铜器到明清的字画。当地乡民参观后大开眼界。上述两个展览轰动四方，《中央日报》、《新华日报》等报刊都分别作了报道。参观者不仅有李庄和南溪的父老乡亲、学校师生、各界人士，就连重庆、成都、泸州、乐山等地的人，也纷纷前来观看，两个展览成为川南一个重大的文化事件而载入史册。1942年2月周均时辞职，丁文渊（同济医科毕业，留德博士，曾任驻德大使馆参事、中央大学教授）接任。丁文渊压制师生言论、结社和出版自由，打击进步师生，漠视师生疾苦，独断专行，挥霍公款。1943年下半年，郑太朴等28位教授联名上书教育部，强烈要求撤销丁文渊的校长职务。经过教授们的奔走上告和各方呼吁，加上国民党内部派系斗争，1944年7月，丁文渊被迫辞职离校。同月，徐诵明（曾参加辛亥革命，日本九州帝国大学研究生部毕业，曾任北平大学校长、西北联合大学校长）继任校长。在李庄，医前期建立了生理馆、解剖馆，医后期在宜宾建立了病理馆、药物馆、细菌学馆、公共卫生研究馆和生物学馆。工学院迁到李庄时，只剩20多部机器，几年中逐步设立了测量馆、实习工厂、电工试验馆、材料试验馆、机械试验馆等学生实习场所。实习工厂适应当地生产、生活需要，试制各种机器。电机实验室一度用直流电机发电为全镇照明供电，受到群众欢迎。1942年，在助产护士班的基础上，经教育部核准立案成立“高级护士职业学校”。教师们一边教学一边搞学术研究。当时川南一带流行痹病。1942年，医学院杜公振、邓瑞麟经调查研究找到了病因，救治了成千上万的病人，在当地传为佳话。这一研究成果获教育部1943年全国应用科学类学术发明一等奖。工学院张象贤著述的《钢球轴承原理》获教育部1945年(第五届)全国应用科学类学术发明三等奖。张景贤著述的《机构之数量及其形态变化之理论基础》获得全国应用科学类学术发明奖。在徐诵明任校长期间，学校院系设置有所扩增，教学设备有所充实。1945年，学校建立了法学院；工学院造船组改为造船系，并增设了机械专修科；理学院数理系分为数学、物理两系。1945年夏，学校向教育部申请10万元经费，在宜宾建立了国内第一所正规化的医事检验学校——高级医事检验职业科。这一时期，同济已开始向综合性大学发展。从昆明来到李庄和宜宾，宁誉、梁之彦、张静吾、张象贤、张景贤、吴之翰、叶雪安、谢苍璃、郑太朴等一批教授，一直跟随学校，不辞辛劳，精心教学；史图博、魏特两位外籍教授自愿与同济师生同甘苦、共患难。学校还聘来了当时国内造船界权威叶在馥、生物学童第周、测量学王之卓、陈永龄、方俊等专职或兼职教授。在李庄，生活十分艰苦。由于没有电灯，学生靠三根灯芯的油灯看书学习，校舍紧张，他们时常在居民的茶馆里、在尸体解剖室里温习功课。而正是这些李庄时期的学生，新中国成立后出现了一大批出类拔萃的人物。其中，中国科学院院士就有十多位。这一时期，学校师生人数有所扩增。1945年，全校总人数达2423人。其中教师224人（教授61人，副教授19人），学生1995人。徐诵明注意民主办校和广延人才，改变学校历来只聘留德人员任教的旧规，开始聘请留英、留美人员任教，并派妇产科胡志远教授赴美学习。教师队伍中，一些人走了，大部分人留了下来。1944年冬，蒋介石号召后方知识青年投笔从戎，抗击日寇。同济学生纷纷响应。在一次纪念周会上，600多学生（占全校学生的1／3）踊跃报名，表现出极大的爱国热情。后经体检，364人参了军。此举，轰动重庆市及大后方，并为《大公报》、《扫荡报》等报道。经过一年多的军营生活，大多数同学认清了国民党军队反动、专制和腐朽的本质。经过反复的斗争，同济绝大部分同学终于于1946年5月回到了母校。李庄时期，同济进步势力有了进一步的发展。1940年年底至1941年年初，国民党顽固派发动第二次反共高潮。李庄镇上贴着“莫谈国事”的告示，同济进步学生受到反动势力监视和迫害，中共地下党员遵照党的“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”方针，以隐蔽和小型分散的形式，利用各种条件，团结周围群众，揭露国民党的黑暗统治，宣传共产党的方针、政策。1943年，医学院学生耿光锦、工学院黄仁端等10多人，发起成立“益友读书会”，每月举行一次集体学术活动，参加者达百余人。读书会出版《心声》墙报，编印《还乡曲》和《柔情插曲》两本德国翻译歌曲集，成立“济声”合唱团，开展进步歌咏活动。读书会成为传播抗日救国思想、团结广大同学的纽带。1944年底，同济学生万孝信等按照中共中央南方局青年组的指示，成立秘密小组，开展“勤业、勤学、勤交友”的活动，组织部分进步同学学习毛泽东《新民主主义论》等著作，传阅《新华日报》等进步报刊。到1945年抗日战争胜利前夕，同济学生中群众性社团犹如雨后春笋，进步势力不断壮大，反动势力日益孤立。在抗日战争期间，同济大学尽管颠沛流离，但由于教学工作扎实，学生学习勤奋，学校还是培养了一大批人才。其中，当时在校学习，解放后成为中国科学院院士或工程院院士的就有9人，他们是：陶享咸（电工机械系）、朱洪元（电工机械系）、王守武（电机系）、吴式枢（机械系）、王守觉（电机系）、唐有祺（化学系）、卢佩章（化学系）、吴孟超（医学院）、吴旻（医学院）。抗战中，同济大学还有一支力量在抗战中发挥了十分重要的作用，这就是机械专业大批的毕业生。他们在制造武器弹药的兵工事业中大显身手。早在1935年，既懂德文又懂技术的同济毕业生，为仿造轰动全国的德国毛瑟枪（“中正式步枪”）立了大功。抗日战争爆发后，同济毕业生及曾在同济工作过的校友在大后方四川、重庆、昆明、桂林、湘西、陕西等兵工厂、资源委员会任工程师的不计其数，有的是兵工界独当一面的大将。当时，社会上就有“同济是兵工厂的导师”的赞誉。 1945年8月，抗战胜利，举国欢腾。在战火中颠沛流离、饱经忧患的同济大学师生员工渴望复员上海。