1937年7月7日，抗日战争爆发。同济大学师生员工同仇敌忾，通电声援，并组成前敌将士后援会，于7月14日将募捐款项汇交前方将士。此后8年，同济6次迁校，辗转浙、赣、湘、粤、桂、滇、黔、川等地，越过千山万水，行程几千公里，冒着日寇飞机轰炸扫射，忍着颠沛流离和饥寒交迫，在战乱中一面坚持教学工作，一面开展抗日救国活动。7月下旬，鉴于形势日益紧张，翁之龙校长部署向市区租界搬迁工作。8月12日下午，最后一批人员搬运校产撤离吴淞，迁入上海公共租界地丰路（今乌鲁木齐）121号的临时校舍。翌日，日军大举进攻上海，“八·一三”事变爆发。28、29日，同济吴淞校舍毁于日寇炮火。学校迁入市区后，广大师生员工在翁之龙校长的带领下，积极参加抢救抗日受伤将士和市民的工作。他们先后建立了红十字临时重伤员医院和红十字第十三救护院。翁之龙兼任红十字临时重伤员医院院长。在市区，学校举行了一次招生考试，但未能复课。临时校舍房屋狭小，全校1101名学生和部分教职工都挤在这里。学校原计划搭建一部分临时房屋于10月14日正式上课。但由于上海战事日益激烈，结果无法恢复上课。9月，学校决定迁往浙江金华。10月20日，学校在金华复课。在金华报到的有教师33人，学生596人。医学院有100多名学生，17名教师留在上海。在学校迁往金华时，医学院张静吾教授等组成“南京军医署所属第五重伤医院”，前往苏州救死扶伤；李宣果教授带领81名师生员工组成“中国红十字会第一重伤医院”，在去金华时，组成若干医疗救护小组，从杭州出发，沿着浙赣线，为受伤战士服务。在金华，学校在坚持上课的同时，学生组织战时服务团，深入城乡开展抗日救亡宣传。并积极参加中共浙南特委领导的抗日救亡和民主革命工作。同济学生大部分担任乡村建设指导员，少部分担任县政工作。在金华，上级党组织通知同济中共地下党员李滢来、汪珊等建立中共同济特别支部，在浙江地区独立地开辟工作。以特别支部为核心，组织了以学生救国会会员为骨干的学生战时服务团，建立歌咏队、剧团和宣传队，共计二三百人，在金华城乡教唱抗日歌曲，贴抗战标语，散发中国共产党《抗日救国十大纲领》，还编印出版了《合流》报3期，宣传毛泽东、宋庆龄等所写的有关国共合作、全面抗战的文章。之后，中共中央东南局筹备处决定汪珊等留在浙江，组成以汪珊为书记的中共浙南特别工作委员会。11月，日军逼近杭州，金华不断遭受日机空袭。学校决定第三次迁校，从金华迁往江西赣州。1938年1月底，正式复课。不久，医学院后期也从上海迁到江西吉安，1938年春开始复课。上课在旧镇台衙门，大学、中学、高职全在一起。医学院以第五重伤医院和自办诊疗所为实习基地。这是中国人自办实习医院的先例。诊疗所于1938年4月8日开诊，日门诊人数最多时达400余人。在赣州和吉安共有学生1000多人，教师73人，其中德国教授13人。1938年下半年，因战事关系，德国政府停止了原给予教授的特种补助及旅费补助金，于是大部分德国教授相继回沪，中国教师挑起了教学的担子。在赣州，学生一面读书，一面继续以战时服务团为核心，以民办夜校、话剧团等形式坚持开展抗日救亡工作。1938年3、4月，学校“杀一儆百”，开除了进步学生的领袖——学生会主席陶亨咸。学生群情激愤，派计晋仁、翟立林、李岳、许信刚4位代表赴武汉向教育部。最后，学校当局被迫撤销了开除陶亨咸的决定。1938年7月，局势突变，九江危急。同济又从赣州、吉安迁到了广西贺县的八步镇。其间，有千余公里的水路。同学们经过步行、坐车、坐船、翻山越岭，前后花了三个多月的时间，忍饥挨饿到达了八步镇。11月，学校正准备维修校舍复课，日寇进攻华南，未及一周，广州沦陷。1938年冬，学校第一批校产运到八步江边还未及卸下，又决定迁往昆明。1939年春节前，全校师生分批到达昆明。迁校昆明不久，翁之龙校长辞职，赵士卿（同济医科毕业，留德医学博士，广州中山大学教授、医学院院长）接任。学校内迁后，宝隆医院绝大部分德籍医生没有随同济医学院去内地，医学院院长柏德辞去院长职务。从此，宝隆医院（产权一直归德人所有）不再是同济大学医学院的实习医院。为此，学校在第五重伤医院和诊疗所的基础上组成了医学院附属医院。同时，学校开设了实习工厂、电工实验室和化学实验馆等，保证了教学工作的开展。但学校困难重重，校舍分散于十多处，机器设备残缺不全，沿途招生，德文程度与战前已难相比，经费大为削减，欠款欠租达3万元。在昆明，1939年分为三个学期，以弥补在迁校中所缺授课程。1940年7月20日赵士卿辞职，教育部委派周均时（上海吴淞商船学校毕业，留学德国、波兰，工科博士，重庆大学教授）接任。在昆明两个春秋，学校克服困难坚持办学。医、工、理三学院共有教师77人，其中正副教授37人，学生798人。医学院在八省会馆设有解剖馆，由昆明地方法院提供无人认领尸体，供解剖学习之用。医学院还开展学术活动，定期举行学术讲座。这一时期，工学院已设机械、土木、测量、电机4系和造船组，发展为全校师生人数最多的学院。有教师34人，其中，教授8人，副教授7人。1940年在校学生428人。理学院除化学、生物两系外，又增设了数理系。1939年3月，国民党政府召开第三次全国教育会议，推行国民党、三青团和训导处三位一体的政策，加强控制师生，镇压学生运动。同年初夏，从西南联大返回同济的中共地下党员况礼文，根据上级党的指示，在同济建立党的组织，有党员9名。他们通过读书会、壁报、民众夜校、儿童剧团等群众组织，发展进步力量，开展抗日救亡活动，并与校内复兴社、三青团等反动组织作斗争。1940年秋，昆明物价飞涨，日机不断侵扰。周均时校长考虑到昆明地区早有云南大学，又有从北方迁去的北大、清华，再将同济大学办在昆明也无必要。经全校各部门负责人会商研究，决定迁校入川。学校将此意见上报教育部，获得批准。于是学校成立以周均时校长为主席的迁建委员会。随后，周均时赶回重庆，转往南溪、宜宾，运用各方关系，在宜宾城内和南溪所属李庄落实住址。1940年8月，学校给同济大学校友、四川南溪县李庄富商钱子宁发函，请求迁李庄。钱子宁经一番努力后，得到国民党李庄区党部书记罗南陔及一些富商的支持，给同济发出：“同大迁川，李庄欢迎，一切所需，地方供给”的电报。于是同济大学开始向四川南溪李庄和宜宾迁移。10月，大学部先停课，开始了第六次迁校，1940年底至1941年初迁校完毕。医学院后期与附属医院驻宜宾，校部及其他院系驻李庄。宜宾为川西南、滇东北一带物资运转枢纽，商业颇为繁荣。李庄镇位于宜宾以东25公里的长江南岸，水陆交通便捷，教育事业也较为发达。在李庄，同济多以禹王宫、东岳庙、南华宫、祖师殿、慧光寺和