这一思路，后来成了2001年10月制定的《“十五”期间同济大学发展规划纲要》的基本思想。学校办学目标定位表述为：建设一所文理交融、医工结合、科技教育和人文教育协调发展的综合性、研究型、国际化的一流现代大学（2004年改为：综合性、研究型、国际知名高水平大学）。办学的基本方针是：以学科调整为主线，以师资建设为核心，以深化改革为动力，以体制创新为保障。建设的基本思路是：以结构调整为主线，以学科交叉为重点，依托优势学科，拓展高新科技；全面推进以文理为基础，优先发展信息、材料和生物医学等新兴引领学科，巩固提升传统优势学科，重点鼓励支持交叉学科的学科发展战略；坚持以“有所为，有所不为”的方针，完善综合性大学的布局，拓宽多功能大学的学科基础，形成研究型大学的学科特长，扩大国际化大学的学术影响，确立高水平大学的学术地位。此后几年，同济大学得到了国家和上海市连续的支持。2001年初，同济大学“211工程”“九五”期间建设任务圆满完成。2001年6月，在“211工程”部际协调小组办公室统一部署下，专家组对学校“211工程”“九五”期间建设任务完成情况进行了整体验收。验收专家组充分肯定同济大学“211工程”“九五”建设所取得的效益和成果，一致建议继续加大对同济大学的“211工程”二期建设投入和政策支持力度。2002年10月，专家组一致通过《同济大学“十五”“211工程”建设项目可行性研究报告》。随即，学校进入了“十五”“211工程”建设。项目总投资共2亿元。2001年年底，同济大学被列入“行动计划”的行列（简称“985工程”）。这项“计划”首先是由江泽民在1998年5月4日庆祝北京大学建校100周年大会上提出的。据此，教育部于当年制定了《面向21世纪教育振兴行动计划》，决定重点支持部分高等学校创建具有世界先进水平的一流大学和一流学科。1999年，该项目正式启动。同济大学被批准进入“行动计划”（“985工程”一期）后，获建设资金6亿元人民币。这是同济大学有史以来国家最大的资金投入。2001年4月，上海市政府决定把同济大学与汽车相关的学院和专业机构搬到“上海国际汽车城”去，由同济大学在嘉定建设新的校区（2004年定名为嘉定校区），作为“上海国际汽车城”的一个重要组成部分。当年，该校区建设被确定为教育部和上海市的重点工程项目。嘉定校区总占地面积2500亩，先期征地1500亩，首期建设用地750亩。2002年10月23日，同济大学嘉定校区正式开工，全部工程计划3—5年建设完成，总投资20多亿元。嘉定校区的建设，为同济大学的发展拓展了新的空间。2002年6月，教育部与上海市政府决定，重点共建同济大学。教育部除对同济大学的正常经费和建设投资按“法定增长”安排外，增加投入建设经费3亿元，上海市对教育部增加的重点建设经费提供1∶1配套建设经费。2005年6月，教育部和上海市政府签署了《关于继续重点共建复旦大学、上海交通大学、同济大学的协议》。2003年11月，教育部、上海市政府及上海市教委决定，上海航空工业学校划归同济大学管理。2004年6月，教育部、财政部决定进行新一轮“教育振兴行动计划”，即进行“985工程”二期建设。当年11月，同济大学被批准进入“985工程”二期建设（于2007年结束）。建设项目总投资共9.4亿元。期间，同济大学党政领导班子得到调整，级别得到提升。2001年2月，党委书记程天权调任中国人民大学党委书记；周家伦（同济大学毕业，曾任同济大学党委副书记、副校长、我国驻德使馆教育参赞）任党委书记。2003年6月上旬，校长吴启迪调任教育部副部长；留德博士、汽车工程专家、同济大学博士生导师、校长助理万钢任同济大学副校长（主持工作）。2004年7月8日，中央批准周家伦任同济大学党委书记（副部长级），万钢任同济大学校长（副部长级），同济大学主要领导干部列入中央直接管理。在国家和上海大力的支持下，学校从2003年起结合本校的实际，在“十五”规划的基础上，不断探索学校发展的新路。2003年年初，上海实施“科教兴市”战略，并以世博会为抓手，开始新一轮发展。2004年，学校在“985工程”二期建设的答辩过程中，感受到了强烈的竞争气氛。当时，赞扬声不少，但比较兄弟院校，校领导清醒地看到了自己的不足，感受到了压力；同时，校领导还从当时社会上推出几种大学排名中，认识到了自己的问题。主要有：博士点及重点学科不多，重大项目和成果不多，有影响的科研论文少；不少学科、专业还比较弱等。这一时期，同济大学处于发展、突破的关键时期，学校决心抓住这一战略机遇，以卧薪尝胆、十年磨一剑的精神，以超常规的做法，加快学校发展的步伐。自2003—2006年，同济大学在落实学校“十五”规划、加强各项工作改革的基础上，推出了一系列新的思路和举措。(1) 实施传统学科高新化，新兴学科强势化，弱势学科集约化的学科发展战略，决定用新技术拓展和提升优势学科，以市场和社会需求为导向加大新兴学科的支持力度，将弱势学科组成学科群和学科链，联合发展。(2) 加强学校的综合性，完善综合性大学的学科布局，重点抓文科和医学的建设，尤其要振兴文科。(3) 对大学功能作进一步的研究，决定从社会的外围、边缘走向社会中心，投入社会经济建设之中。把学校的功能定位为为社会经济建设服务，在服务中提高和发展自己。(4) 科研工作着眼于争取获得国家和地方重大科研项目。学校领导反复强调，“应把产业发展中的纲举目张性的大项目，作为学校应用型科研的导向”，作为科研政策的基本出发点。“多学科合作不能漫无目的，要定位于重大项目。”学校明确提出科研及相关政策要向重点项目、重点实验室、重大奖项倾斜，并积极调整成果申报、职称评定、岗位设置等相关配套政策。照这一思路，2003年下半年学校出台了《关于激励教师承担“重点科研项目”的措施》，明显加大了政策引导的力度。(5) 建设一批大基地。“985工程”二期建设有5个方面的内容，其核心内容是8个科技创新平台和1个哲学社会科学基地，即城市建设与防灾国家实验室、洁净能源地面交通工具国家工程中心、深海地学国家重点实验室、道路与交通工程国家重点实验室、嵌入式系统国家重点实验室、长江水环境国家重点实验室、波与材料的微结构教育部重点实验室、医用蛋白质研究教育部重点实验室、国家哲学社会科学创新基地“城市发展研究院”。这些平台和基地整合了同济大学的大多数学科。学校基本的思路是，集中财力、人力和物力，建设一批重要的大基地，使学校能够承担国家重大基础研究和有关国计民生的重大科研项目。(6) 加强内涵建设，提高教学质量。过去多年同济大学扩大了办学规模和办学空间。2003年起，学校决定开始加强内涵建设，把加强本科教学工作、提高本科教学质量作为内涵建设的重点，后把2005年定为内涵建设年。当时，教育部定于2007年对同济大学的本科教育进行评估。为此，学校采取一系列措施，加强本科教学工作。主要有：① 改革本科课程体系，建立“以通识教育为基础的宽口径专业教育课程体系”，以加强学生的通识教育和基础教育。首先在2004年级新生中全面推行。学校将本科教育分为3个阶段：通识教学、学科基础教学、专业特色教学。② 实施《本科生教学质量保证实施条例》。条例涵盖教学目标、教学过程、支撑条件、监督反馈机制等人才培养的各个方面。③ 加强精品课程建设。2003年，教育部和上海市教委启动精品课程建设工作。从此，学校在以往开展的优质课程建设和评选的基础上，开展精品课程建设。学校决定，校级精品课程资助建设费每门5万元，市级精品课程每门资助7万元，国家级精品课程每门资助10万元。为提高研究生培养质量，2006年11月学校制定《研究生培养机制改革暂行办法》。其基本思想和举措是：强化激励机制，建立研究生教育创新基金和多渠道资助体系，使广大研究生既缴学费，又能根据其学习、科研投入等因素获得相当数额的资助。(7) 加强人才的引进和培养。2002年，为吸引更多的海内外高层次人才来校工作，学校作出了聘用境外专家和柔性引进人才决策，逐步从单纯的转移工作关系、迁入户口的“刚性流动”扩大到关系不转、户口不迁的“柔性流动”。受聘境外专家和柔性引进的杰出人才享受较好的工资、福利、津贴和住房补贴等待遇。2003年7月，学校向媒体宣布医学院院长、外语学院院长、传播与艺术学院副院长、生命科学与技术学院副院长、网络学院副院长、数学系主任、经济学系主任和出版社副社长、副总编8个岗位面向海内外招聘人才。2004年，学校决定对部分专业技术职务高级岗位实行国内外公开招聘。2006年3月，学校决定所有新聘正、副高级岗位全部面向全球公开招聘。学校坚持引进和培养相结合。2003年11月，学校决定正式启动新世纪优秀青年教师选拔培养工程：入选学校和上海市高校优秀青年教师者，培养期2年；入选上海市高校优秀青年教师者，学校给予2万元科研配套资金资助；入选学校优秀青年教师者，学校给予2万元科研资金资助；并决定在职务晋升、课题申报、进修培养等方面予以优先考虑。2005年，学校加大培养力度，制定了《关于“同济特聘教授”计划的实施办法》、《关于“教学名师培养计划”的实施办法》、《关于青年骨干教师资助计划的实施办法》等5个文件。其基本思想是，积极推进人才强校战略，培养和汇聚一批帅才、将才和一批具有国际先进水平的学术大师和学科带头人；大力推进创新团队建设，培养和建设一批特别能战斗的创新团队和优秀群体。(8) 推出新的校内管理体制模式。为了确保“985工程”二期建设9个平台和基地建设的顺利实施，学校在相关机制和体制方面推出了许多新的思路和措施，并决定以此作为学校内部管理体制机制全面创新的试验区。学校把“985工程”二期建设的9个平台和基地作为“学术特区”，实行特区政策。特区的人才政策：在每个平台或基地设战略科学家，由其担任平台主任。每个平台建立两支队伍，即重大研究方向科技创新团队、技术保障与服务队伍。在人员管理上，实行以下管理机制：① 竞争准入机制。根据重大研究方向的需要，设置若干首席科学家席位。由首席科学家按照重大项目要求组建创新团队。首席科学家、责任教授、学术骨干向国内外招聘。② 招聘机制。对于学校要发展而又缺乏人才的学科，要引进校外人才，摒弃本位主义，在国内外遴选领军人物。③ 培养和培训机制。利用国内外知名的专业培训公司和单位进行专门的定期培训。特别是加强对领军人物组织能力、沟通能力等多方面能力的培训。每年由学校出资，选派一定数量（不少于30名）的学术骨干到国外一流大学开展学术交流与合作；每年选拔一批青年教师到国外一流大学进行3个月的学习。④ 激励机制。坚持效率优先、兼顾公平的分配原则。对于业绩好、能力强、影响大的人才，给予资金和物质奖励。对于考核优秀的团队，继续准予留在特区并加大资源投入。给予首席科学家较大的分配自主权。实行学术休假制度。⑤ 节点考核机制。把考评结果与团队资源挂钩，与研究、管理人员的报酬挂钩。对于评审不合格的团队引入黄牌预警制，采用分段调整（减少）投入与节点考核相结合的方法。⑥ 体面退出机制。阶段考核不合格的团队，不受处罚而体面退出或部分退出。从特区退出的人员或团队原则上回到原院系工作，对于人事关系不在同济大学的人员或团队按照双向选择的原则，决定去留。(9) 作战略布局，给校区定位。21世纪初，上海市的经济布局是：上海西边重点发展汽车工业。由此自2000年初起，上海市决定在嘉定区建设“上海国际汽车城”。随之，几年间，上海汽车工业、汽车经济、汽车营销、汽车物流、汽车零部件不断向这一区域集中。同时，国家和上海市决定，若干年内，在嘉定校区周围68平方公里的土地上投入超过800亿元的新增资金，包括：上海大众新厂扩建、上海汽车城商贸区的建设、上海汽车零部件企业、上海F1赛场、中央公园、步行街。此外，还有国家机动车质检中心、国家级重点实验室、磁悬浮试验场、上海汽车总公司工程研究院。在这当中，仅在同济大学嘉定校区周围不到4平方公里范围内的投资就超过了30亿元。“上海国际汽车城”最终将形成一个年产轿车70—100万辆、全世界轿车品牌展示和销售的场所，以及我国汽车和轨道交通产品开发的大型科技研发平台。为此，同济大学根据今后办学空间和学科发展的需要，决定抓住这一大好的时机，利用嘉定校区周边的条件，充分地发展自己。在综合考虑周边环境、学科优势以及其他各种因素的基础上，同济提出了新的发展理念，即“紧密结合产业链来建设学科链”。2004年初，学校党委和行政领导班子经过了大量的调研和多次讨论，确定了全校的战略布局和嘉定校区的定位，即重点发展四平路校区和嘉定校区，四平路校区构筑以土木工程防灾为核心的城市建设学科群，着手组建可持续发展学科群和医学生命科学学科群；嘉定校区构筑以地面交通工具为核心以汽车为龙头的现代装备制造学科链。(10) 拓展国际交流和合作的范围。改变以德国为主进行国际合作与交流的局面，坚持以与欧盟国家合作为主，面向全世界的方针，在巩固和发展中德关系的同时，加强与欧盟其他国家的合作与交流。2005年3月，全校开展“直面挑战，共谋发展”大讨论，在一个学期的时间里，各单位引导师生员工增强忧患意识，找差距，谋发展，鼓干劲。有了国家和地方的大力支持，有了学校的新思路新举措，有了全校上下锐意进取的劲头，同济大学在2000—2006年间实现了全面发展。1. 学科建设快速发展强势学科地位得到巩固，新兴交叉学科迅速发展。自2003年实施传统学科高新化后，土木、交通、机械、测绘、材料等传统优势学科，走高新化发展之路，获得了新的发展，为社会发展作出贡献。建筑与城市规划学科在教育部2004年公布的学科综合实力排名中，名列全国高校同类学科专业第二（第一是清华大学）。同济测量学科过去只开展大地测量、过程测量等传统课题研究，长期得不到发展，那几年，由于引入激光测量、图像信息处理、感应测试分析理论等新技术，开展了卫星测量、遥感遥测、全球定位系统研究，学科面扩大到交通、导航、搜索、制导等领域，2003年获得了一级学科博士授予权。道路与铁路工程学科、交通运输规划与管理学科是同济传统学科，也是国家重点学科。学校为提升这些学科，让道路交通学科与信息化结合，为许多城市设计了智能交通控制系统，实现了交通信息实时传送。传统学科高新化的措施，有力地带动了现代运输设施与智能化交通学科群的建设与发展。2001—2005年，该学科群共承担科研项目560项，其中主持国家自然科学基金项目11项，承担“973”项目1项，“863”项目6项，重大项目90项。共获得科研经费1.875亿元。在面向交通安全与环境的设施规划与设计、智能交通及交通控制与管理理论、交通信息采集及处理综合分析理论与方法等方面取得了一批成果，获省部级以上科技进步奖40个，其中国家科技进步二等奖2个。材料和结构工程学科联合交叉，成功研究了上海磁浮工程混凝土轨道梁的温度效应变形控制及优化设计等，解决了国外长期悬而未决的难题。在保持传统学科优势的基础上，同济大学涌现出了汽车、微电子、生命科学等新兴强势学科。2000年以来，同济大学车辆工程与智能机械学科的亮点是洁净能源汽车。在洁净能源汽车研发方面，该学科完成了“液化石油气（LPG）汽车综合技术研究和推广应用”、“洁净燃料——CNG汽车的研制”、“桑塔纳系列LPG，CNG燃气汽车的研制和开发”、“燃料电池轿车核心技术的研究”、“燃料电池轿车”、“燃料电池汽车氢源基础设施工程前期研究”等一大批国家级、上海市重大科技攻关项目，取得专利17项，取得了一批令人瞩目的成果。自2002年以来，由国家“863”电动汽车重大专项首席科学家、专项总体组组长万钢教授领衔承担的国家“863”重大专项燃料电池轿车项目，已自主研发出三代超越系列燃料电池轿车动力平台，圆满通过科技部三轮审查考核。其中“超越一号”在2003年上海工博会获创新奖，“超越二号”燃料电池轿车试验样车参加了2004年“必比登”世界清洁能源汽车大赛，在污染排放、CO2排放、噪声、蛇行和燃料经济性方面达到A级水平，获得5个单项技术奖，比赛成绩名列前茅。2005年又完成了“超越三号”。2005年度，燃料电池轿车被评为“中国高等学校十大科技进展”。2006年1月13日，由同济主持的“863计划”电动汽车重大专项中“燃料电池轿车”项目通过科技部专家组验收；同年，以汪品先教授为首席科学家的“973”项目“地球圈层相互作用的深海过程和深海记录”通过科技部验收。微电子研究领域异军突起，超大规模集成电路研发中心申报承担的“64位CPU芯片设计”项目，列入上海重大科技攻关项目；林正浩教授和他的团队在科技部组织的答辩中名列第一。课题组完成的32位高性能嵌入式CPU已经达到国内领先水平。同时，学校引进的陈榕团队，进军自主知识产权的新一代基于网络的嵌入式操作系统，成为同济电子信息学科的新的学科增长点。该团队申报的新一代基于网络的嵌入式操作系统，列入上海市重大攻关项目。2004年5月，温家宝总理在上海视察时，专门听取了同济大学微电子课题研究的进展情况，给予好评，并鼓励同济大学微电子中心主任林正浩说：“你有信心，我也有信心。”学科得到了拓展，学科结构和布局得到了优化。2000—2005年，学校成立了2个学部16个学院6个校直属研究机构。其中，除2000年合并后新增（更名或组建）医学院、口腔医学院、交通运输学院和铁道与城市轨道交通研究院之外，2000年成立网络教育学院、女子学院、新能源汽车工程中心。2001年，成立软件学院、传播与艺术学院、德国学术中心、亚太研究中心、现代农业科学与工程研究院、超大规模集成电路研究所。2002年，在海洋地质与地球物理系的基础上成立海洋与地球科学学院；在汽车工程系和汽车营销管理学院的基础上成立汽车学院；成立微电子中心。2003年，成立医学与生命科学部、知识产权学院、电影学院。2004年，在工程力学与技术系和原上海航空工业学校的基础上，成立了航空航天与力学学院；成立中德工程学院。2005年，撤销理学院，建立理学部。2006年，成立同科学院、中意学院；将文法学院和知识产权学院重组为人文学院和法政学院，将经济学专业调整到经济与管理学院；土木学院增设了城市水务与水利系；成立出国培训学院，与留德预备部两块牌子、一套班子。至2006年年底，全校有34个学院（部），105个系、所、中心。本科专业结构得到优化，数量不断增加。2000年2月，教育部批准同济大学增设汉语言、广播电视编导、艺术设计、工业工程4个专业。同年，与上海铁道大学合并，新增通信工程、临床医学、口腔医学3个本科专业。2001年起，学校增加了许多适应社会发展的新专业。如：临床医学、国际政治、广播电视新闻学、动画、生物技术、信息安全、电子科学与技术、车辆工程、物流管理、软件工程、经济学、社会学、戏剧影视文学、艺术设计学、摄影、历史建筑保护工程、地球信息科学与技术、生物信息学、物流工程、汉语言文学、哲学、园林、地理信息系统、光信息科学与技术、飞行器制造工程、表演、护理学、机械电子工程、汽车服务工程、建筑设施智能技术、音乐表演等。至此，同济大学本科专业数达81个，涵盖理、工、文、法、经、管、医、哲、农9大学科门类。学科点大幅度增加。截至2006年年初，同济大学有博士、硕士学位授权一级学科17个，博士学位授权点78个，硕士学位授权点209个。与1999年相比，一级学科博士点由4个增加到17个，二级学科博士点由32个增加到78个，二级学科硕士点数量由63个增加到209个。研究生教育已形成了涵盖理、工、文、法、医、经济、管理、哲学、教育等9个学科门类。加上本科教育的农学学科，同济大学已有10大学科门类。同时，专业学位研究生教育发展很快。截至2005年，同济大学有工商管理硕士（MBA）、高级管理人员硕士（EMBA）、工程硕士、建筑学硕士、公共管理硕士（MPA）、临床医学硕士、口腔医学硕士、风景园林硕士等8个硕士专业学位。工程硕士有24个领域。2006年9月，同济大学在校生总数为59437人。其中，研究生17359人，本专科生22141人，成人教育生13284人，网络生4788人，留学生1827人。文科和医科得到发展。学校在加强文科和社会科学的进程中，起初抓了应用性文科的发展，学校于2003年先后成立知识产权学院和电影学院。知识产权学科得到了中央和上海市的重点扶持。从2003年开始，学校加强基础性文科的建设。当年，先后成立了文科建设领导小组和文科办公室，设立了文科专项基金。2004年上半年，学校制定了《文科建设三年行动计划》等一系列促进文科快速发展的配套文件，召开同济历史上第一次文科大会，并把文科建设列入“985工程”二期建设之中。2006年1月，外国语言学及应用语言学学科获博士授予权。2006年7月，学校为了加强文科的发展，将文法学院一分为二，组成了人文学院和法政学院。医学与生命科学学科基础比较薄弱，2003年学校对医学和生命科学进行整合，成立了医学与生命科学部，聘请了著名专家傅继梁担任医学部主任，胡大一担任医学院院长。2003年，学校柔性引进3位院士，成立了蛋白质研究所。2000年并校时，医学与生命学科有硕士点10个，无博士点。此后几年，增加了5个博士点（内科学、外科学、生物医学工程、生物化学与分子生物学、口腔临床医学）、23个硕士点、5个硕士学位授权一级学科。2006年，医学与生命学科涵盖生物医学工程、生物学、基础医学、临床医学、预防医学、口腔医学和中医学等领域。文科、医学与生命学科博士点的获得，是学科综合性发展进入新阶段的重要标志。重点学科建设得到加强，学科高地逐步形成。2002年1月教育部公布国家重点学科点名单，同济大学10个学科被列为国家重点学科。其中有1988年被列为国家重点学科的结构工程、岩土工程、无机非金属材料、城市规划与设计4个学科，还有海洋地质、工程力学、桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、交通运输规划与管理、环境工程6个学科。2003年教育部公布，同济大学海洋地质、城市规划与设计、岩土工程、桥梁与隧道工程和道路与铁路工程5个学科居全国首位。2000年，同济大学的桥梁工程和海洋地质被列为上海市重点学科的重中之重学科点；2001年，同济大学的环境工程、道路与铁道工程、机械设计及理论(含车辆工程)、岩土工程、结构工程、材料学、建筑学(含建筑设计及其理论，城市规划与设计)等7个学科点被列为上海市重点学科。2001—2003年，学校在原有9个博士后科研流动站的基础上又增设了材料科学与工程、力学、数学、测绘科学与技术4个科研流动站。2006年，全校共有13个博士后科研流动站，涵盖33个博士点、48个硕士点。2. 科学研究上升势头强劲学校承接国家重大项目能力不断提高。各学科充分发挥各自优势，纷纷走出去与企业、事业单位结合，争取到数量巨大的工程，桥梁、建筑、交通等各个领域都活跃着同济大学科技人员的身影。纵向科研经费的增长主要出现在“863”、“973”、“国家自然基金”等国家项目上，技术含量高。2003年立项的国家自然科学基金项目经费比前一年翻了一倍，达到2400多万元。在2003年上海市遴选出的60多项“科教兴市重大产业攻关项目”中，同济入选8项，其中，5项为牵头项目，3项为参加项目，项目数量名列上海高校第一。截至2003年10月，全校承担“973”、“863”、“十五攻关”、“国家自然科学基金”项目共103项，总经费4600多万元，其中，百万元以上经费的重大项目10多项。2005年，学校加强国家自然科学基金项目和上海市重大项目和重点基础研究项目的组织申报。其中，国家自然科学基金项目申报数比2004年增长40％，获准数增长19％，共87项，经费2500多万元。学校科研经费不断上升，2000年为2.84亿元，2002年达5.03亿元，在全国高校中位居第五。2003年科研经费总额6.01亿元，名列上海高校第二。2005年科研经费达到9.8亿元，居全国高校前列。科研成果和科技获奖呈现上升势头。2002—2003年，电子与信息学院教授蒋昌俊承担的“PN机理论及其应用研究”和“PN机的行为相关性理论”两个国家自然科学基金项目，在两次结题评审中，分别被评为“特优”。2003年，由项海帆院士和哈尔滨建筑工程学院王光远院士共同主持的“大型复杂结构体系的关键科学问题及设计理论研究”，是“九五”期间国家自然科学基金唯一的土木领域的重大项目，正式结题验收。同年，汪品先院士主持的国家自然科学基金重大项目“东亚古季风的海洋记录”顺利结题通过验收，评审组给予“特优”的评价。2003年，国家展开国际“综合大洋钻探计划”，由于同济在该领域的关键地位，科技部于2004年年初批准，将国际“综合大洋钻探计划”中国办公室设在同济大学。2002—2004年，附属同济医院心内科专家陈义汉等人先后发现3个人类心房颤动致病基因，揭示了人类心房颤动的新的遗传起源。这些成果自2003年1月起陆续发表在《Science》、《Am J Hum Genet》、《科学》、《美国人类遗传学杂志》等刊物上。国际上认为他们的研究成果是心律失常研究领域的重大发现。此成果，被评为2003年度“中国高等学校十大科技进展”及2005年度“国家自然科学奖”二等奖。2003年12月，超大规模集成电路研究所研制完成的“神芯一号”和“神芯二号”芯片：3G多媒体手机SOC核心芯片及设计平台和高速高位数模转换器DAC IP核，通过教育部主持的技术鉴定，有10项核心技术被确定世界领先。2000—2005年获得国家奖12项，其中，包括国家自然科学奖二等奖2项；获得省部级科技进步一等奖27项，有两项成果入选“中国高等学校十大科技进展”。专利申请和授权数成倍增长。国家级教学成果奖获奖数不断上升，其中一等奖1项，二等奖6项。2004年、2005年科研获大面积丰收。2004年获国家科技进步奖3项、建设部华夏奖二等奖2项、教育部科技成果奖3项、上海市科技进步奖25项。在2004年上海工业博览会上，“32位高性能嵌入式CPU”获“创新奖”。该项目通过教育部和信息产业部联合鉴定，这是当时国内最高主频的自主开发的芯片。2005年度，同济获国家自然科学二等奖1项；获上海市科技进步奖34项，创历史最高，在其中主持完成的15项中获2项一等奖。在2005年第七届上海国际工业博览会上，同济大学3个项目获奖。“玉米塑料”（从玉米中提取物质制成）获创新奖，“线控转向及驾驶模拟试验装置”获教育系统参展项目特等奖，“SK1600大型数控火焰切割机床”获教育系统参展项目二等奖。同济“产学研”结合之路越走越好。多年来，学校科技人员投身国民经济建设主战场，承担了无数国家、地方、企业的研究课题，为国家、地方的社会经济建设做出了贡献。在2004年已经签约的上海市科教兴市重大科技攻关项目中，以同济为主承担的“汽车风洞”建设项目是唯一的高校项目。同济大学上海地面交通工具风洞中心项目是中国第一座汽车整车风洞，被列入上海市重大工程，总投资49056万元。“玉米塑料”属于上海市首批“科教兴市”产业化攻关项目，已进入产业化生产阶段，百吨级生产线已投入生产，万吨级生产线正在建设中。2004—2005年，学校探索以企业为主体的产学研合作新模式，推进产学研战略联盟，先后与上海汽车集团、上海电气集团、上海振华港口机械(集团)股份有限公司、上海轨道交通设备发展有限公司、国家磁悬浮工程中心等签定战略合作协议。学校建设了高技术园区，为科技成果孵化创造了良好的条件。2003年10月，同济大学科技园被科技部和教育部认定为“国家大学科技园”。至2005年，学校已建起了国家大学科技园，共有赤峰路、国康路和南汇3个科技园区，集科技成果孵化、转化为一体。2003年2月，贯穿同济大学的赤峰路被杨浦区政府命名为“同济现代建筑设计街”，这是全国最大的建筑科技汇聚地，有几百家相关企业，年产值10亿元。设计街为构建更大规模、更高层次的“环同济知识经济圈”提供了示范作用。社会服务水平不断提升。同济大学先后有几十位专家参与国家和上海中长期科技发展规划前期研究工作。在世博会申办成功后，学校率先成立“世博会研究中心”，组织有关学科300多位专家，聚焦、研究和服务世博会。有关专家分别被上海市政府聘为世博会园区规划总规划师、世博会总策划师（建筑与城市规划学院院长吴志强）。承接了世博园区、交通、地下空间、环境、能源规划等一批重要研究课题。同时，组建6个研究团队，就重点专项开展预研工作，充分做好参与下一阶段世博园区规划、建筑设计和研发的各项工作。至2004年6月，同济向上海市有关主管部门提出60多项世博会研究课题，承担市政府重大咨询项目、市科委项目、市世博局项目12项，科研经费300多万元。世博会研究中心以其出色的工作，与上海现代设计研究院一起被市政府定为2010世博会决策咨询机构。 同济大学学术地位的提高，赢得了国家高层的信任。2004年12月，同济大学校长万钢应邀为中共中央政治局集体学习“面向2020年的中国科技发展战略”讲课。2005年9月，同济大学唐子来教授应邀为中共中央政治局集体学习“国外城市化发展模式和中国特色的城镇化道路”讲课。3. 教学质量不断提高学校顺利推进以通识教育为平台的宽口径、厚基础的本科教育课程体系建设。本科大部分专业已从2005年开始按学科大类招生，二、三年级再分专业。本科教学质量保障体系建设进展顺利。从2004年9月起，《本科生教学质量保证实施条例》在经济与管理学院、土木学院试点，2005年在全校全面推开。为加强本科教学质量的督促检查，学校成立了教学质量办公室、本科教学督导专家组、办学评估院；2006年9月，学校还成立了本科教学工作管理评审专家组，由沈祖炎院士任专家组组长。 学校加快教材建设的步伐。 2002年，同济教材、学术著作出版基金委员会评选出45种本科教材作为校“十五”规划教材的第一批资助项目，资助金额70余万元。2003年相继投入数百万元资助了60多种教材的编写。其中，26种教材被教育部、交通部和建设部评为“十五”国家级规划教材。截至2004年年底，教师在“十五”期间共主编出版了263种本科教材。在历年教材建设成果的基础上，同济大学推荐400余部教材申报“十一五”国家规划教材，其中149部入选，全国排第七。几年里，同济出现了许多优秀教材。2001—2003年，同济大学应用数学系主编的《高等数学》每年都保持在发行数十万册的水平。高等教育出版社理科分社社长徐刚把这称为全国独有的“同济现象”。2003年《高等数学》被确定为全国百本精品课程教材；每年使用量达70万册。2004年，由物理系顾牡、王少杰教授主编,由同济大学出版社出版的《大学物理》获上海市高校优秀教材一等奖。从2000年开始，学校加大课程建设力度。课程建设经费从1999年的30.2万元增加到2005年的460万元。2003年起，同济在加强精品课程建设的同时，向教育部和上海市教委申请国家级、市级精品课程。2003年度，“Visual Basic程序设计”、“土木工程施工”和“高等数学”课程被评为国家级精品课程；“高等数学”等7门课程被评为上海市级精品课程。2004年度，“大学物理”、“图形创意”课程被评为国家级精品课程；“建筑理论与历史”等11门课程被评为上海市级精品课程。2005年，上海市共评出精品课程100门。同济大学的“工程施工组织与管理”等17门课程入选，成为2005年获精品课程最多的学校。同年，同济大学“大学计算机基础”、“钢结构”、“宝石学概论”、“结构力学”、“马克思主义政治经济学原理”5门课程入选国家精品课程。教学条件不断改善。2002年建立3个大学生创新实践基地后，2003年又建立了汽车、电子信息、交通、土木、环境、机械等学科的大学生创新实践基地。此后，又建立了生命科学与医学工程基地。至2006年上半年，学校建立覆盖理工文三个学科大类的15个创新人才培养基地，特别是由10个国家重点学科、9个上海市重点学科组成的重点学科体系和包括本科、硕士、博士、博士后等各层次人才培养体系的形成，为学生接受综合性、跨学科教育提供了良好的基础条件。为了给医学生提供足够的教学实习条件，学校在有了附属同济医院、附属第十医院和附属口腔医院3所医院的基础上，又取得上海市卫生局的支持，先后增加了附属东方医院、附属肺科医院和附属第一妇婴保健医院。学校重视基础实验室建设，加大实验设施投入，整合更新实验内容，增强了本科生的动手能力和创新能力。同时，加大了重点实验室建设投入。2002—2005年，同济大学海洋地质教育部重点实验室提升为“海洋地质国家重点实验室”；并增加2个部级重点实验室和2个部级国家工程研究中心，多个国家和省部级重点实验室在评估中取得优良成绩。图书馆、校园网建设取得明显进展，办学硬件设施得到显著改善。同时，由于学校对实验室建设和管理不够完善，混凝土材料研究国家重点实验室被摘牌，固体力学教育部重点实验室没有通过教育部评估。学生素质和创新能力不断提高。同济学生在国内外学术、科技类大赛中成绩不断提高。2003年在全国“挑战杯”课外科技大赛中，总分名列全国高校第九。2004年在全国“挑战杯”创业设计大赛中，获金、银、铜各1项，总分全国第五；在全国数学建模大赛中，获全国一等奖2项、二等奖1项，创造了同济历史最好成绩；在全国中型机器人比赛中，同济代表队获全国冠军，在全国大学生力学竞赛中，获全国第1名。同年，由电子与信息学院、软件学院学生组成的“T.N.N.D”队，在第29届ACM国际大学生程序设计大赛亚洲区印度孟买赛区比赛中获得金奖。2005年，在由教育部高教司和中国土木工程学会教育工作委员会主办的“东南网架杯”首届全国大学生结构设计竞赛中，林楠、梁骁、江枣3位同学组成的“扬帆队”和赵明宇、张尧、兰成3位同学组成的“起航队”，均以优异成绩夺得一等奖。2006年，学生梁粱在第七届全国大学生英语演讲比赛中，获一等奖（上海仅有2位学生获此奖项）。日语系学生分别在第18届（2004年）、第20届（2006年）上海市大学生日语演讲比赛中获得第1名。4. 师资队伍日益壮大学校一系列人才政策得到了落实。优秀青年教师选拔培养工程自2003年启动后，每年选拔一次。2004年，16人被评为2003年度上海市优秀青年教师，32人被评为同济大学优秀青年教师。2005年，13人被评为2004年度上海市优秀青年教师。2005年根据《关于“同济特聘教授”计划的实施办法》，13位首届“同济特聘教授”签约受聘，150人入选“2005年度同济大学青年骨干教师资助计划”。2003年向媒体宣布招聘的8个岗位，6人被聘。这6人很快担起了重任，发挥了作用。通过多年努力，师资队伍结构明显改善。一支以两院院士和博士生导师为核心，中青年教授、副教授为骨干、高学位教师比例逐年提高的师资队伍已逐步形成；一批优秀青年学术带头人茁壮成长。2000—2005年，郑时龄当选为中国科学院院士，范立础、沈祖炎当选为中国工程院院士，学校从国家地质部水文地质环境地质研究所引进了卢耀如院士（中国工程院）；8人增选为长江学者特聘教授；6人获国家杰出青年基金；87人次被列入“新世纪百千万人才工程国家级人选”、“国家教委跨世纪优秀人才计划”、“教育部优秀青年教师资助计划”、“高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划”、“新世纪优秀人才计划”、“长江学者奖励计划特聘教授”、“教育部优秀青年教师资助计划”、“教育部高等学校优秀骨干教师”、“上海领军人才人选”和“上海优秀青年教师”；2个研究团队进入国家自然科学基金创新研究群体行列，一个团队入选“长江学者创新团队发展计划”。同时，通过培养、引进两条腿走路，高学历教师比重明显提高，教授中具有博士学位的比例达到56．2％。一批中青年学术骨干脱颖而出，涌现出以万钢校长为代表的学术领军人物，成为学校教学和科研的主力军。2006年9月，全校有在职教职工6839人；专任教师2539人，其中教授536人，副教授744人，博士842人，硕士881人；有在职博士生指导教师502人；有其他高级职称教师1964人，国家杰出青年人才和长江学者22人，两院院士11人。此外，学校还引进院士1人，柔性引进人才200多人次，其中聘请外籍专家28人，聘请400多名国外著名学者兼任博士生导师、名誉教授、客座教授、兼职教授。学校良好的人才政策，培养了一大批杰出人才。陈义汉就是一个典型代表。他原是上海铁道大学副主任医师，2000年同济大学与上海铁道大学合并时，陈义汉为首的课题组正在研究心房颤动的致病基因，研究经费为15万元。并校后，校长吴启迪在了解他们的课题内容和研究思路后，立即给予大力支持。学校专门成立医学遗传研究所，由陈义汉任所长；吴校长亲自批准预借200万元为该所购置急需的仪器设备。此后，又将陈义汉团队列入科技特区，资助50万元。几年后，陈义汉课题组取得了10项科研成果。陈义汉先后被评为“卫生部有突出贡献的中青年技术专家”、“上海市科技精英”、“上海市优秀学科带头人”、“上海市曙光学者”和“上海市劳动模范”。这几年，同济大学还培育了许多创新团队。如作为“十五”、“211工程”标志性成果的翦知湣教授创新团队、李杰教授创新团队和电动汽车研究群体。翦知湣教授创新团队，活跃在国内外古环境和大洋钻探研究领域的前沿，利用南海大洋钻探实施的契机，在西太平洋边缘海古海洋学和海陆古环境对比研究方面取得了一系列国际瞩目的成果。李杰教授创新团队，专注于土木工程防灾的研究工作，取得了多项具有国际先进水平的研究成果。电动汽车研究群体，2000—2006年，先后承担了“全国清洁汽车行动”、“国家‘863’电动汽车重大专项”等节能环保汽车领域的国家重大科技攻关项目，取得了一批令人瞩目的成果。该团队已经纳入教育部创新团队。2003年，国家自然科学基金委共评出21个创新研究群体，其中，就有同济大学李杰教授创新团队和翦知湣教授创新团队。5. 嘉定校区建设进展顺利2001年9月28日，同济大学嘉定校区和上海国际汽车城同日举行奠基仪式。2003年9月，学校成立嘉定校区搬迁工作领导小组。2003年11月起，一期工程陆续竣工。2004年初，学校把嘉定校区作为重点发展的校区，并确定在嘉定校区建设以地面交通工具为核心以汽车为龙头的现代装备制造学科链。根据这个定位，学校积极展开运作。2004年4月12日，学校专题讨论“嘉定校区搬迁方案”。2004年4月26、27日，学校最后确定：汽车学院、软件学院、电子与信息工程学院、机械工程学院、交通运输工程学院、材料科学与工程学院、经济与管理学院、传播与艺术学院8个学院按一定的时间节点分批整体搬迁到嘉定校区。2004年8月11日，学校举行进驻嘉定校区仪式。当年暑期，同济大学开始了历史性的大搬迁，汽车学院和软件学院1000多师生作为第一批搬迁人员入驻嘉定校区。2004年11月，学校举行嘉定校区一期工程落成庆祝大会。2005年9月电子与信息工程学院、机械工程学院、交通运输工程学院为第二批搬迁单位。2006年9月，材料科学与工程学院、经济与管理学院、传播与艺术学院为第三批搬迁单位。后根据同济发展需要，增加了中德工程学院、铁道与城市轨道交通研究院和音乐系等院系为第三批搬迁单位。至2006年9月搬迁任务的全面完成。嘉定校区已有汽车、软件、机械、电信、交通、经管、材料、传播与艺术、中德工程、铁道与城市轨道交通研究院等10个学院。校区学生数已达7257人，教职工人数1062人。嘉定校区的建设与投入使用，产生了强大的聚集效应。随着洁净能源地面交通工具工程中心竣工，嵌入式系统和大型计算重点实验室、交通工程重点实验室的建设，校区周边涌现了校企共建的热潮。2005年，在嘉定校区已形成了我国汽车和轨道交通产品开发的特大型科技研发平台。6. 国际交往有了突破性进展国际交流与合作范围不断拓展。2000—2006年，同济大学与德国的交流与合作有新的发展。2003年，同济大学申请在上海筹建“中德友好医院”，当年底德国总理施罗德就中德友好医院项目与上海市市长韩正互致信函。2004年5月，被该项目被列为2010年上海世博会配套项目。2005年又被列为上海市“十一五”规划的两个卫生重点项目之一，教育部也批复同意了这个项目。同年，经万钢校长的努力，“中德友好医院”项目被列入德国和中国政府大型合作项目文件签字仪式，这又赢得德国大集团公司的投资。2005年11月10日，德国和中国政府大型合作项目文件签字仪式在德国柏林举行。正在德国访问的胡锦涛主席和德国总统科勒尔一起出席。会上，万钢校长代表同济大学与德国西门子项目投资公司（SPV）和欧洲最大的医院集团Asklepios公司签署共同出资建设“中德友好医院”的谅解备忘录。2006年4月9日，中德友好医院项目建设筹备工作已进入开工前的协调管理阶段。医院建于上海南汇区国际医学园区内，规划总建设规模为1000张床位，一期工程将于2008年完成。在德国，同济大学有很高的地位。2003年8月，德国总理施罗德在柏林总理府亲自为获得总理奖学金的首批同济大学3名学生颁奖。2004—2005年，万钢校长在德访问，两次受到德国总统的接见。在加强与德国传统联系的同时，同济大学加强了与法国等欧盟国家的合作交流。自2002年起，同济与法国高校、政府部门、研究机构和企业签订17项协议，全校大多数院系都参加到与法国开展交流的行列中来。同济在法国的影响日益扩大。2004年10月11日法国总统雅克·希拉克来访，出席了“同济大学中法中心”奠基仪式。2005年年底，法国总统希拉克委托有关人士给同济大学送来信件，对同济与法国各界卓有成效的合作高度赞赏。2006年10月28日，中法中心大楼落成启用，同济大学中法中心揭幕。当天，法国文化部长多内第·德·瓦布尔受希拉克总统委托，专程来同济参加了揭幕典礼。自2002年起，同济大学加强了与联合国的交流与合作。2002年5月，学校与联合国环境规划署合作成立“联合国环境规划署—同济大学环境与可持续发展学院”，联合国副秘书长、联合国环境规划署执行主任托普弗来校出席了签字仪式。该学院是亚太地区环境和可持续发展研究、培训、信息交流的重要基地。2004年6月29日，联合国教科文组织总干事松浦晃一郎来访，2004年8月29日，联合国副秘书长兼联合国环境规划署执行主任托普弗博士再次来访，为新落成的联合国环境规划署—同济大学环境与可持续发展学院大楼揭牌。2006年9月18日，学校与联合国环境署共同举办的“环境管理与可持续发展国际硕士学位班”正式启动，同年，“联合国教科文组织亚太世界遗产培训与研究中心”落户同济。2006年，同济大学加强了与意大利的交往。当年，与意大利环境国土资源部共同成立了“中意可持续城市机动性研究中心”，并成立了中意学院。7. 国际合作培养和交流项目稳步发展在与德国合作办学方面，同济有留德预备部、中德工程学院和中德学院。同时与德国有关高校在职业教育领域的合作不断深入。2004年7月，由中德两国教育部倡议，同济大学和德国应用技术大学合作成立了中德工程学院。2005年中德工程学院已经开始招生。与法国，中法工程与管理学院良性发展并逐渐形成鲜明的办学特色，几届毕业生得到了很高的评价。在加强与世界著名大学合作的同时，与国际著名跨国公司的合作方式也日益丰富，获得了它们设立的基金教席、联合实验室、奖学金、实习基地等资源。各院系在学生交流、联合培养等方面积极探索，积累了宝贵的经验。校内建立的一批中外合作研究机构，已经成为本校师生与国外同行开展联合研究的重要平台。2002—2005年，同济大学与意大利、英国、爱尔兰等其他欧盟国家，与美国、日本等非欧洲国家的合作不断扩大。签订校际合作协议120多项，国际交流与合作范围不断拓展。外国政要和著名学者来访增加。2000年9月14日，瑞士联邦主席阿道夫·奥吉来访；2001年5月18日，奥地利联邦总统托马斯·克莱斯蒂尔来访；2002年12月30日，德国总理施罗德来访；2004年10月11日，法国总统希拉克来访。2005年11月14日，苏格兰第一副首相Nicol Stephen来访。2006年9月16日，意大利总理普罗迪来访，并参加了中意学院开学典礼。各国政要的来访扩大了同济大学在国内外的影响，提高了学校国际知名度。2004—2005年，先后有5位诺贝尔奖得主：日本田中耕一（化学）、美国华埃德蒙·费希尔（化学）、德国莱茵哈德·泽尔腾（经济学）、德国保罗·克鲁岑（化学）、德国哈特姆特·米歇尔（化学）来校讲学，有力地提升了同济大学的国际学术地位。学校对外交流活动频繁，与德国和欧盟国家继续扩大交流，与美国、澳大利亚、亚洲国家和港澳台地区的交流日益增加。2000—2003年，共接待境外来宾1079批9192人次。2004—2005年，有大幅度的增长，两年共接待908批10039人次。教师国际学术交流活跃。2002—2005年，派往国外进修和合作研究的教师352人，参加国际学术交流和短期合作研究的教师2714人次。国外来同济大学长期工作的专家234人，参加各类学术会议的专家3443人。2001—2005年，教师参加境外国际学术会议人数有了大幅度的增长，5年达1141人次，其中，美国、德国、日本、法国、韩国、英国、泰国、印度等国家及香港、澳门、台湾地区增长最快或最多。学校主办或联合主办国际学术会议的次数大幅度提高，2000—2005年共举办154次，是1983—1999年的2倍多。留学生工作取得长足进步。2002—2005年，派出留学生774人，接受外国留学生人数稳步增加，生源结构进一步改善，在校生已达2190名，其中校际合作交流的留学生有309名。他们分别来自 72个国家。学校积极探索留学生培养模式改革，成立“外国留学生新生院”，为提高留学生教育的国际影响力提供了制度和组织保障。8. 校园建设日新月异校园面积大幅度增加。1999年，同济有四平路和武东路两个校区，有土地1600多亩。此后，由于同济大学与上海铁道大学合并、嘉定校区开辟、航空工业学校划归，同济新增了沪西、沪北、嘉定、彰武路4个校区。至2006年9月，同济大学有6个校区，共有土地3587.8亩。校舍建设方面。2000—2006年，是同济大学历史上校园建设最辉煌的时期。学校在各校区（除嘉定校区）新建、扩建、改造、修缮了一大批项目，共投资10多亿元。7年间，一幢幢大楼拔地而起。如：四平路校区的研究生院楼（瑞安楼）、中德学院楼、桥梁馆、海洋馆、医学院大楼、土木工程学院大楼、教学科研综合大楼、中法中心大楼、研究生学生公寓、环境科学与工程实验楼、西苑饮食广场；沪北校区的综合教学楼；沪西校区的生乐公寓（学生公寓）、学生食堂及大学生活动中心。同时，学校还扩建了设计院楼、建筑城规学院楼、岩土离心机实验楼；在四平路、同济新村以及沪西、沪东、沪北、彰武路各校区，学校进行了80多项改造或修缮工程，其中主要的有：一二九礼堂改造、电气大楼大修、图书馆改造、校医院改造、西南一楼大修、南校区档案馆楼装修改造、大学生活动中心改建、口腔医院改建及修缮、大礼堂改造。除此之外，学校还投资2200多万元建设了学校体育设施；投资数千万元加大了学校道路、绿化、基础设施方面的建设，其中为改善校园环境，学校整治了河道，透绿了围墙，建造了“怡园”、“孔子雕像”、“校庆纪念园”、“国立同济大学纪念柱”等景点景观。转眼7年，同济昔日的校舍大多不见了，盖起一幢幢现代化的崭新的大搂，少数没有撤除的也都经改造、装饰；今天的同济高楼林立，道路宽敞、平坦，绿化景点美观宜人，面貌一新。新建的嘉定校区更是雄伟壮观，一派现代化大学的景象。建成的主要建筑有：教学与行政办公楼、国际交流中心楼、培训中心楼、图书馆大楼、教学科研楼、学生公寓；正在建设的有：电子与信息工程学院大楼、机械工程学院大楼、交通运输工程学院大楼、地面交通工具风洞中心楼。与此同时，作为校园建设的重要内容的信息化建设与管理得到迅速发展。学校成立了信息化办公室和网络管理中心。2002年5月，学校新校园网开通。新校园网覆盖全校5个校区的全部教学、科研、管理和宿舍大楼。2005年10月，“校园一卡通”系统正式运行。此系统已经开通了饮食消费、洗澡、打开水、超市购物、借阅图书、学生上机、学生公费医疗等等多项功能。大大地方便了全校师生员工。7年间，同济大学在国家和地方的大力支持下，全校上下同舟共济，积极奋进，向综合性、研究型、国际知名高水平大学的目标又迈出了坚实的步伐。